Το πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών (ΠΜΣ) αποσκοπεί στην ανάπτυξη υψηλού επιπέδου έρευνας και θεωρίας στις Επιστήμες της Εκπαίδευσης και στην εκπαίδευση πτυχιούχων στο επιστημονικό αυτό πεδίο σε επίπεδο μεταπτυχιακών σπουδών. Η παροχή της κατάλληλης θεωρητικής εκπαίδευσης και κατάρτισης για τη διαμόρφωση εξειδικευμένων επιστημόνων ικανών να ασχοληθούν με την οργάνωση, διαχείριση και περαιτέρω ανάπτυξη εκπαιδευτικών δράσεων και έρευνας, αναμένεται να έχει θετικές επιπτώσεις στην ανάπτυξη της χώρας σε κοινωνικό και οικονομικό επίπεδο

Σκοπός του προγράμματος ανά ειδίκευση είναι:

  1. «Διδακτική των Θετικών Επιστημών: Διδακτικές διαδικασίες, Εκπαιδευτικά προγράμματα, Αξιολόγηση και Τεχνολογίες της Πληροφορίας και των Επικοινωνιών στην Εκπαίδευση»: Οι μεταπτυχιακοί φοιτητές και οι μεταπτυχιακές φοιτήτριες (ΜΦ) αναμένεται (α) να εξοικειωθούν με θεωρητικά ζητήματα της σύγχρονης Διδακτικής των Θετικών Επιστημών, καθώς και με την ποσοτική και ποιοτική μεθοδολογία της εκπαιδευτικής έρευνας, (β) να επικεντρωθούν στη μελέτη εξειδικευμένων θεμάτων Διδακτικής της Βιολογίας, της Φυσικής, των Μαθηματικών και των ΤΠΕ στην Εκπαίδευση, έχοντας αποκτήσει θεωρητικά εργαλεία από σειρά μαθημάτων που εντάσσονται στο ευρύτερο παιδαγωγικό πλαίσιο της Διδακτικής των Θετικών Επιστημών, και (γ) να εμπλακούν σε έρευνα που αφορά τα αντίστοιχα επιστημονικά πεδία. Η συγκεκριμένη ειδίκευση του ΠΜΣ παρέχει στους/στις ΜΦ τις γνώσεις και δεξιότητες που απαιτούνται για μία κριτική προσέγγιση της σύγχρονης εκπαίδευσης στις Θετικές Επιστήμες, λαμβάνοντας υπόψη εναλλακτικές μορφές μαθησιακών περιβαλλόντων, υποστηριζόμενων ή μη από σύγχρονα τεχνολογικά εργαλεία. 
  2. «Κοινωνική Θεωρία, Πολιτική και Πρακτικές στην Εκπαίδευση»: Οι ΜΦ αναμένεται (α) να εξοικειωθούν με τα θεωρητικά προβλήματα που αναδύονται στο πλαίσιο των Κοινωνικών Επιστημών, καθώς και με τη σχέση των προβλημάτων αυτών με τη σύγχρονη εκπαίδευση μέσα από τη διεθνή βιβλιογραφία, και (β) να εμπλακούν σε έρευνα που αφορά τα επιστημονικά πεδία της Κοινωνιολογίας, της Πολιτικής Θεωρίας, των Εκπαιδευτικών Πρακτικών, και της Διαπολιτισμικής Εκπαίδευσης. Η συγκεκριμένη ειδίκευση του ΠΜΣ παρέχει στους/στις ΜΦ τις γνώσεις και δεξιότητες που απαιτούνται για μία κριτική προσέγγιση του ρόλου των κοινωνικών επιστημών στην εκπαιδευτική θεωρία και τις εκπαιδευτικές πρακτικές.

«Λόγος, Τέχνη και Πολιτισμός στην Εκπαίδευση»: Οι ΜΦ αναμένεται (α) να εξοικειωθούν με τη γλώσσα, τις τέχνες και τον πολιτισμό ως κοινωνικά και πολιτισμικά φαινόμενα, καθώς και ως πρακτικές που σχετίζονται στενά με την εκπαίδευση, και (β) να εμπλακούν σε έρευνα που αφορά τα επιστημονικά πεδία της Γλωσσολογίας, της Λογοτεχνίας, του Γραμματισμού, της Ανθρωπολογίας, της Αισθητικής Θεωρίας και της Διδακτικής των Τεχνών. Η συγκεκριμένη ειδίκευση του ΠΜΣ παρέχει στους/στις ΜΦ τις γνώσεις και δεξιότητες που απαιτούνται για μία κριτική προσέγγιση των παραπάνω επιστημονικών πεδίων σε σχέση με τη σύγχρονη εκπαίδευση και τις εναλλακτικές πρακτικές που αναπτύσσονται στο πλαίσιό της.

Tο ΠΜΣ απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (ΜΔΕ) στις «Επιστήμες της Εκπαίδευσης» στις ακόλουθες ειδικεύσεις:

  1. «Διδακτική των Θετικών Επιστημών: Διδακτικές διαδικασίες, Εκπαιδευτικά προγράμματα, Αξιολόγηση και Τεχνολογίες της Πληροφορίας και των Επικοινωνιών στην Εκπαίδευση»
  2. «Κοινωνική Θεωρία, Πολιτική και Πρακτικές στην Εκπαίδευση»
  3. «Λόγος, Τέχνη και Πολιτισμός στην Εκπαίδευση»

Η χρονική  διάρκεια  για την απονομή ΜΔΕ ορίζεται σε τέσσερα (4) εξάμηνα, με δυνατότητα παράτασης της φοίτησης για δύο (2) επιπλέον εξάμηνα.

Ο αριθμός εισακτέων στο πρόγραμμα ορίζεται κατά ανώτατο όριο σε εξήντα (60). Οι ΜΦ εντάσσονται εξ αρχής σε μια ειδίκευση του ΠΜΣ: «Διδακτική των Θετικών Επιστημών: Διδακτικές διαδικασίες, Εκπαιδευτικά προγράμματα, αξιολόγηση και Τεχνολογίες της Πληροφορίας και των Επικοινωνιών  στην Εκπαίδευση», «Κοινωνική Θεωρία, Πολιτική και Πρακτικές στην Εκπαίδευση»,  «Λόγος, Τέχνη και Πολιτισμός στην Εκπαίδευση».

Οι φοιτητές δεν καταβάλλουν τέλη φοίτησης.